•เกษตรกรมักให้ปุ๋ยเคมีกับพืชพันธุ์เร็วเกินไป สิ่งที่พืชไม่ต้องการใช้ก็จะถูกดูดซึมลงไปในดิน ทำให้เกิดผลกระทบส่วนที่สองแก่ดินนอกเหนือจากผลกระทบต่อพืช เช่น ปริมาณปุ๋ยที่เข้มข้นเกินไปสะสมในพืช (เนื่องจากการขาดน้ำ)
•ปุ๋ยเคมีไม่มีเกลือแร่/สารอาหารขนาดเล็ก/สารอาหารขนาดใหญ่ หลังใช้ปุ๋ยเคมีไม่กี่ปี ดินจะขาดความสมบูรณ์และสารอาหารเหล่านั้นจะหมดไป และในเวลาต่อมา ก็จะไม่มีสารอาหารเหล่านั้นในผลไม้หรือผักที่เพาะปลูกทำให้ผลผลิตเสียคุณภาพ
•ปุ๋ยเคมีทำลายจุลินทรีย์ขนาดเล็ก ส่งผลให้ดินไร้ประสิทธิภาพจนไม่สามารถเพาะปลูกอะไรได้
•ปุ๋ยเคมีและยาฆ่าแมลงเป็นสาเหตุของการปนเปื้อนในน้ำ จนทำให้แหล่งน้ำมีปริมาณสารเคมีปะปนหรือสะสมอยู่มากเกินไป (ดูหัวข้อ eutrophy หรือปริมาณสารเคมีที่มากเกินไปในแหล่งน้ำ)
•การใช้ปุ๋ยเคมีส่งผลกระทบระยะยาวต่อพืชผัก ดิน สิ่งแวดล้อมและตัวคุณ
ปุ๋ยชีวิภาพนั้นส่งผลดีต่อสิ่งแวดล้อม ให้สารอาหารที่พอเพียง คืนความสมบูรณ์แก่ดิน ปุ๋ยชีวภาพยังอุดมไปด้วยสารอาหารขนาดเล็กและองค์ประกอบอินทรีย์ซึ่งเป็นอาหารของจุลินทรีย์ขนาดเล็ก นอกจากนี้ยังทำให้ดินมีการระบายอากาศที่ดีขึ้นและรักษาความชื้นในดินไว้ได้